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进阶:自定义扩展Pandas (Pandas Extending)

2023-11-15 00:49| 来源: 网络整理| 查看: 265

进阶:自定义扩展Pandas (Pandas Extending) Pandas Extending导言:你可能遇到的场景 - Why Extending Pandas自定义接口 - Registering custom accessors·点评 扩展数据类型 - Extension types扩展数据类型 - ExtensionDtype扩展数组 - ExtensionArray·点评扩展数组操作方法 - ExtensionArray Operator Support·官方建议·点评NumPy通用函数 - NumPy Universal Functions·点评测试 - Testing extension arrays与Apache Arrow格式兼容 - Compatibility with Apache Arrow·点评 子类化Pandas数据结构 - Subclassing pandas data structures覆写构造属性 - Override constructor properties定义基本属性 - Define original properties·点评 绘图后台 - Plotting backends·点评

Pandas Extending

本博客是对Pandas Extending中文翻译。原文地址如下link。主要介绍如何自定义扩展Pandas库,包括如何对Pandas主要类DataFrame, Series自义定接口;如何自定义扩展DataFrame, Series基本数据类型;在用户需要继承DataFrame, Series类时官方提出的建议。本博客除了翻译官方文本之外,还结合笔者正在进行扩展pandas的相关工作给出了粗浅的点评。

导言:你可能遇到的场景 - Why Extending Pandas

Pandas库提供了丰富的方法、容器和数据类型,但您的需求可能无法完全满足。Pandas提供了一些自定义扩展pandas的方法。 这些场景例如但不仅限于:

自定义接口 ,当遇到如下场景时可以考虑扩展接口,需要转换函数调用方式myfunction(pands_obj)为类方法调用方式pandas_obj.myfunction (Series.myfunction)时;自定义数据类型,例如pandas_obj中需要自定义储存数据类型为IP地址类型ipaddress.IPv4Address,用户可以自定义这种基本类型格式,并且定义其操作方法;继承pandas_obj,继承往往不是最佳的选择。但用户决定有必要这么做时,pandas提供了继承pandas_obj类的建议; 自定义接口 - Registering custom accessors

可以使用的装饰类库pandas.api.extensions.register_dataframe_accessor(), pandas.api.extensions.register_series_accessor()和pandas.api.extensions.register_index_accessor()将其他“命名空间”添加到pandas对象。这些方法思路为:使用装饰器对类进行装饰,在装饰器添加的属性的名称。具体为,装饰类的__init__方法获取要修饰的对象,例如如下例子给出自定义的经纬度类接口:

@pd.api.extensions.register_dataframe_accessor("geo") class GeoAccessor: def __init__(self, pandas_obj): self._validate(pandas_obj) self._obj = pandas_obj @staticmethod def _validate(obj): # verify there is a column latitude and a column longitude if 'latitude' not in obj.columns or 'longitude' not in obj.columns: raise AttributeError("Must have 'latitude' and 'longitude'.") @property def center(self): # return the geographic center point of this DataFrame lat = self._obj.latitude lon = self._obj.longitude return (float(lon.mean()), float(laan())) def plot(self): # plot this array's data on a map, e.g., using Cartopy pass

用户调用自定义的命名空间:

ds = pd.DataFrame({'longitude': np.linspace(0, 10), ... 'latitude': np.linspace(0, 20)}) >>> ds.geo.center (5.0, 10.0) >>> ds.geo.plot() # plots data on a map ·点评

非常出色的实现方式。以pandas提供的原生接口方式实现:@pd.api.extensions.register_dataframe_accessor("自定义")。调用方式为实例.自定义.属性/方法。这种非侵入式的实现方式有效的分离了原pandas_obj和自定义接口自定义的作用域。本质上采用了组合的思想,核心实现方式为accessor系列函数,笔者会在后面的博客中进行介绍。 但是不得不说这种实现方式的遗憾是,当采用这种方式进行接口的扩展,在某些IDE上(例如在笔者所用的IDE Spyder)调用自定义接口时不会给出提示和自动代码补全。

扩展数据类型 - Extension types

Pandas定义了一个接口用于实现扩展Numpy生态中的数据类型和数组类型。而Pandas自身生态包含了扩展对一些没有内置到Numpy中的类型进行处理(categorical、period、interval、datetime和timezone)。 库允许用户自定义数组和数据类型。并且pandas可以正确处理(例如,不会被转换成ndarray实例)用户定义的类或实例,因为很多方法例如pandas.isna()考虑了扩展类型的实现。 如果您正在构建实现接口的库,pandas希望您在扩展数据类型上公开它。 接口由两个类组成,ExtensionDtype和ExtensionArray。

扩展数据类型 - ExtensionDtype

pandas.api.extensions.ExtensionDtype类似于numpy.dtype类。它用于描述数据类型。在调用过程中,用户需专注于一些特定的唯一属性,比如名称。 type是一个特别重要的属性。表示用户自定义数据所属的类型。例如,如果您正在为IP地址编写扩展类型,应当是ipaddress.IPv4Address类型。 有关接口定义,请参见extension dtype source。 版本0.24.0中的新功能。 pandas.api.extension.ExtensionDtype用于创建数据类型字符名称。通过字符串名实例化Series 和.astype()进行实现,例如 'category'是一个已被使用的CategoricalDtype的访问字符。 有关如何自定义数据类型的详细信息,请参阅extension dtype dtypes。

扩展数组 - ExtensionArray

这个类提供了类数组(array-like)类的全部功能。ExtensionArrays类仅限于1维。ExtensionArray类通过dtype属性链接到ExtensionDtype。 Pandas不限制如何通过new或init方法创建扩展数组,也不限制如何存储数据。但是非常重要的一点是,Pandas要求用户自定义的数组可以转换为Numpy数组,即使它非常复杂(因为它会被用于Categorical类)。 它们可能由空、一个或多个Numpy数组支持。例如, pandas.Categorical的是由两个数组支持的扩展数组,一个用于编码,一个用于分类;IPv6地址数组可以由具有两个字段的Numpy结构数组支持,一个用于低位64位,另一个用于高位64位;或者它们可能有其他存储类型的支持,比如Python的列表类。 有关接口定义,请参见extension array source。文档和注释将指导用户正确实现接口。

·点评

扩展数组中存放的数据类型可以是基本类型,也可以是用户自定义的,扩展数组支持自定义的结构和操作方法。例如在IPv6例子中,扩展数组由低位64位,和高位64位两个自定义数据类型元素ipaddress.IPv6Address组合而成。这个自定义数组应包含特定的属性和方法用于解释IPv6的低位和高位特性,并给出常规的操作方法。 但是要注意的是,自定义的数组不管怎么变来变去,应该始终是Numpy所支持的数组。(始终不离核心,即Pandas本质的数据结构是矩阵和数组)。

扩展数组操作方法 - ExtensionArray Operator Support

版本0.24.0中的新功能。 默认情况下,没有为类ExtensionArray定义运算。有两种方法可以为类 ExtensionArray提供操作:

定义 ExtensionArray子类的类方法。使用pandas中定义的运算实现,该实现依赖于已在ExtensionArray的底层定义的运算方法。

无论采用何种方法,如果希望在使用NumPy数组进行二进制操作时调用实现,则可能需要设置__array_priority__。 对于第一种方法,用户需定义操作符例如 __add__,__le__等,以提供自定义类对这些操作的支持。 第二种方法基于 ExtensionArray的底层元素(即标量类型)已经定义了各个运算符。换言之,如果定义为MyExtensionArray的ExtensionArray被实现为每个元素都是MyExtensionElement类的实例,则在第二种方法中如果为MyExtensionElement定义运算符,也将自动为MyExtensionArray定义运算符。 作为mixin类,ExtensionScalarOpsMixin支持第二种方法。如果开发一个ExtensionArray子类,例如MyExtensionArray,可以简单地将 ExtensionScalarOpsMixin包含为MyExtensionArray的父类,然后调用方法_add_arithmetic_ops()和/或_add_comparison_ops()将运算符挂接到MyExtensionArray类中,如下所示:

from pandas.api.extensions import ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin class MyExtensionArray(ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin): pass MyExtensionArray._add_arithmetic_ops() MyExtensionArray._add_comparison_ops() ·官方建议

由于Pandas自动逐个调用每个元素上的底层运算符,因此这可能不如直接在ExtensionArray上实现自定义版本的关联运算符更有效。 对于算术操作,此实现将尝试使用元素操作的结果重建新的ExtensionArray。是否成功取决于操作是否返回对ExtensionArray合法的结果。如果无法重建ExtensionArray,则返回包含标量的ndarray。 为了实现并协同pandas和numPy ndarrays之间的操作保持一致,Pandas建议不要在二进制操作中处理序列和索引。相反,您应该检测这些情况并返回NotImplemented。当pandas遇到类似 op(Series, ExtensionArray)的操作时,pandas 将

从序列中释放Series (Series.array)调用result = op(values, ExtensionArray)将结果重新打包成Series ·点评

直白的来说,如果要实现自定义数组的操作方式,要么是自己写,要么就从已有的方式进行继承。一种mixin方法(以Mixin方式命名的类实质上实现接口的功能)ExtensionScalarOpsMixin包含了一些定义的操作,如果需要请从父类继承。 Pandas说明在底层实现是逐个调用每个元素上的底层运算符,换句话来说,继承的方式只能保证代码是可以工作的,但是无法保证运行效率。如果需要用户保持一定的运行效率,还是要自己写。

NumPy通用函数 - NumPy Universal Functions

Series实现了__array_ufunc__方法。作为执行的一部分,Pandas从Series中解绑ExtensionArray,执行自定义方法,并在必要时重新装箱。 如果适用,我们强烈建议用户在自定义数组中实现 __array_ufunc__,以避免强制转为多维数组(ndarray)类型。有关示例,请参见 the numpy documentation。 作为实现的一部分,要求在自定义的输入inputs中检测到pandas容器(Series, DataFrame, Index)时委托给pandas。如果其中任何一个存在,则应返回NotImplemented。Pandas将负责从容器中解除数组的绑定,并使用解绑的输入重新调用自定义的函数。

·点评

这部分的功能笔者并不是很熟悉简单理解到为元素级运算,希望有高人不吝赐教。科普一下numpy提供了一些诸如三角函数这样的常用函数,在numpy中,将其称为“universal functions(ufunc)”。 在numpy内部,这些函数在array中执行elementwise(元素级)的运算,生成一个新的array作为输出。

测试 - Testing extension arrays

pandas提供了一个测试套件来确保用户的自定义数组满足预期的行为。要使用测试套件,您必须提供几个Python测试用例(pytest fixture)并继承基本测试类。所需见fixture。通过子类化使用

from pandas.tests.extension import base class TestConstructors(base.BaseConstructorsTests): pass

所有可用测试的列表见link。

与Apache Arrow格式兼容 - Compatibility with Apache Arrow

通过实现两个方法,ExtensionArray 可以支持向/从pyarrow数组的转换(从而支持例序列化到Parquet文件格式):ExtensionArray.__arrow_array__ 和ExtensionDtype.__from_arrow__ ExtensionArray.__arrow_array__数组确保pyarrow定义如何将特定的扩展数组转换为pyarrow.Array(当作为列包含在pandas的DataFrame时):

class MyExtensionArray(ExtensionArray): ... def __arrow_array__(self, type=None): # convert the underlying array values to a pyarrow Array import pyarrow return pyarrow.array(..., type=type)

ExtensionDtype.__from_arrow__方法将控制从Python参数到pandas定义的扩展数组的转换。此方法仅接收Python数组Array或ChunkedArray作为参数,并将此数据类型和传递的值返回给相应ExtensionArray:

class ExtensionDtype: ... def __from_arrow__(self, array: pyarrow.Array/ChunkedArray) -> ExtensionArray:

更多见Arrow documentation 这些方法已经为pandas中包含的可为空的整数和字符串扩展类型实现,并确保到Python数组和Parquet文件格式的相互转换。

·点评

简单来说ExtensionArray中的__from_arrow__和__arrow_array__方法用于与Parquet文件格式兼容。如果需要,请实现它们。

子类化Pandas数据结构 - Subclassing pandas data structures

来自官方的凝视(Warning):在考虑对pandas数据结构进行子类化之前,有一些更简单的选择。

pipe可扩展方法链使用组合。通过注册访问器registering an accessor进行扩展按扩展类型 extension type扩展

本节描述如何对pandas数据结构进行子类化以满足更具体的需求。有两点需要注意:

重写构造函数属性。定义基本属性 覆写构造属性 - Override constructor properties

每个数据结构都有几个构造函数属性,用于作为操作的结果返回新的数据结构。通过重写这些属性,可以通过pandas数据操作保留子类。 要定义3个构造函数属性: _constructor:当操作结果具有与原始结果相同的维度时使用。 _constructor_sliced:当操作结果比原始维度低时使用,例如DataFrame 单列切片。 _constructor_expanddim:当操作结果与原始结果有一个更高的维度时使用,例如Series.to_frame().

下表列出了pandas数据结构默认的构造属性

属性SeriesDataFrame_constructorSeriesDataFrame_constructor_slicedNotImplementedErrorSeries_constructor_expanddimDataFrameNotImplementedError

下列例子示例如何复写SubclassedSeries和SubclassedDataFrame的构造属性

class SubclassedSeries(pd.Series): @property def _constructor(self): return SubclassedSeries @property def _constructor_expanddim(self): return SubclassedDataFrame class SubclassedDataFrame(pd.DataFrame): @property def _constructor(self): return SubclassedDataFrame @property def _constructor_sliced(self): return SubclassedSeries >>> s = SubclassedSeries([1, 2, 3]) >>> type(s) >>> to_framed = s.to_frame() >>> type(to_framed) >>> df = SubclassedDataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]}) >>> df A B C 0 1 4 7 1 2 5 8 2 3 6 9 >>> type(df) >>> sliced1 = df[['A', 'B']] >>> sliced1 A B 0 1 4 1 2 5 2 3 6 >>> type(sliced1) >>> sliced2 = df['A'] >>> sliced2 0 1 1 2 2 3 Name: A, dtype: int64 >>> type(sliced2) 定义基本属性 - Define original properties

要让原始数据结构具有其他属性,您应该让pandas知道添加了哪些属性。pandas将未知属性映射到覆写__getattribute__的数据名。可以通过以下两种方法之一定义原始属性: 为不会传递给操作结果的临时属性定义_internal_names和_internal_names_set。 为将传递给操作结果的常规属性定义_metadata。 下面是定义两个原始属性的示例,“internal_cache”作为临时属性,“added_property”作为普通属性。

class SubclassedDataFrame2(pd.DataFrame): # temporary properties _internal_names = pd.DataFrame._internal_names + ['internal_cache'] _internal_names_set = set(_internal_names) # normal properties _metadata = ['added_property'] @property def _constructor(self): return SubclassedDataFrame2 >>> df = SubclassedDataFrame2({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]}) >>> df A B C 0 1 4 7 1 2 5 8 2 3 6 9 >>> df.internal_cache = 'cached' >>> df.added_property = 'property' >>> df.internal_cache cached >>> df.added_property property # properties defined in _internal_names is reset after manipulation >>> df[['A', 'B']].internal_cache AttributeError: 'SubclassedDataFrame2' object has no attribute 'internal_cache' # properties defined in _metadata are retained >>> df[['A', 'B']].added_property property ·点评

子类化Series和DataFrame有以下注意点:

若非必要,不推荐子类化继承方式。子类化需要注意覆写构造函数属性,还要注意基本属性的构造方式。子类化的构造函数属性实现Series子类和DataFrame子类的相互转换——无需手动编写代码。基本的属性定义有临时属性和普通属性两种。 另外,需要注意的是。经过笔者测试,通过本文第一章自定义接口 - Registering custom accessors方式扩展的接口,在子类化中也会得到继承。 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Thu Jun 18 11:31:36 2020 @author: sixing liu, yaru chen """ import pandas as pd class SubSeries(pd.Series): @property def _constructor(self): return SubSeries @property def _constructor_expanddim(self): return SubDataFrame class SubDataFrame(pd.DataFrame): _metadata = ['freq'] @property def _constructor(self): return SubDataFrame @property def _constructor_sliced(self): return SubSeries @pd.api.extensions.register_dataframe_accessor("myclass") class MyAccessor: def __init__(self, pandas_obj): self._validate(pandas_obj) self._obj = pandas_obj @staticmethod def _validate(obj): pass def myfunction(self): # plot this array's data on a map, e.g., using Cartopy print('this is Accessor function') >>>mydf = SubDataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]}) >>>type(mydf) Out: __main__.SubDataFrame >>>mydf.myclass.myfunction() Out: this is Accessor function

完整测试:

>>> myseries = SubSeries([1, 2, 3]) >>> type(myseries) Out: __main__.SubSeries >>>mydf = SubDataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C': [7, 8, 9]}) >>>type(mydf) Out: __main__.SubDataFrame >>>sliced = mydf['A'] >>>type(sliced) Out: __main__.SubSeries >>>mydf.myclass.myfunction() Out: this is Accessor function >>>sliced.myclass.myfunction() Out: AttributeError: 'SubSeries' object has no attribute 'myclass' 绘图后台 - Plotting backends

从0.25版本开始,pandas可以通过第三方绘制后端来扩展。其主要思想是让用户选择一个不同于基于Matplotlib提供的绘图后端。例如:

>>> pd.set_option('plotting.backend', 'backend.module') >>> pd.Series([1, 2, 3]).plot()

这或多或少相当于:

>>> import backend.module >>> backend.module.plot(pd.Series([1, 2, 3]))

然后,后端模块可以使用其他可视化工具(Bokeh、Altair等)生成绘图。 实现绘图后端的库应使用入口点,使其后端对pandas可见。主键是 "pandas_plotting_backends"。例如,以下默认方式为“matplotlib”后端。

# in setup.py setup( # noqa: F821 ..., entry_points={ "pandas_plotting_backends": [ "matplotlib = pandas:plotting._matplotlib", ], }, )

更多第三方绘图工具后台见

·点评

plot方法作为pandas的第三方接入接口,核心实现方式为CachedAccessor类,笔者会在后面的博客中进行介绍。



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